阴茎皮肤上长两个小水泡，不痛不痒，可能是以下原因引起：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。初期表现为局部皮肤发红、肿胀，并出现簇集性小水疱，水疱可逐渐破裂、糜烂、渗液，随后结痂、脱屑。生殖器疱疹可反复发作，伴有疼痛、瘙痒等症状。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增大、增多，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状。疣体表面粗糙，容易发生糜烂、渗液，可有恶臭。
3.阴茎珍珠状丘疹：是一种发生在阴茎冠状沟边缘的丘疹样皮肤病，病因尚不清楚，可能与局部刺激、生理发育变异或包皮过长等有关。丘疹多为珍珠状白色，少数为淡红色、肤色，可无任何不适感。
4.其他：包茎或包皮过长、药物过敏、局部摩擦刺激等也可能导致阴茎皮肤上长小水泡。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体诊断需要结合病史、症状、体征及实验室检查等综合判断。如果发现阴茎皮肤上长小水泡，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。
对于有过不洁性生活史的人，应警惕性传播疾病的可能，如梅毒、淋病等。这些疾病也可能导致阴茎皮肤出现水疱、溃疡等症状，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等尿道刺激症状。此外，还应注意排除药物过敏、局部刺激等因素。
总之，阴茎皮肤上长小水泡不痛不痒，可能是多种原因引起的，需要及时就医，明确诊断，以便采取正确的治疗措施。同时，应注意个人卫生，避免不洁性生活，避免搔抓、摩擦，以免加重病情。