慢性无菌性前列腺炎是前列腺炎中最常见的类型，约占前列腺炎患者的90%以上。其发病原因主要包括：
1.排尿功能障碍：某些因素引起尿道括约肌过度收缩，导致膀胱出口梗阻与残余尿形成，造成尿液反流入前列腺，不仅可将病原体带入前列腺，也可直接刺激前列腺，诱发无菌性前列腺炎。
2.病原微生物感染：各种微生物如细菌、原虫、真菌、病毒等都可成为致前列腺炎的感染源，其中又以细菌为最常见，如淋球菌、非淋球菌等。
3.免疫性因素、过敏：研究表明，慢性前列腺炎患者往往是因先天或后天免疫缺陷而产生抗前列腺抗体，从而导致前列腺组织损伤。如果患者经过检查没有发现细菌、病毒、支原体感染的证据，可考虑免疫性因素的存在。
4.前列腺充血：各种原因引起的充血，如频繁的性冲动、性生活被迫中断、过度手淫、久坐、酗酒、感冒受凉等，都可导致前列腺充血，诱发慢性无菌性前列腺炎。
5.焦虑、抑郁、恐惧：专家发现，50%的慢性非细菌性前列腺炎患者有焦虑、抑郁、恐惧、悲观等过度紧张的症状。而伴有疼痛及神经衰弱的前列腺患者常常过于夸大躯体的不适和疼痛，自觉症状往往大于实际病情，这种情况被称为“紧张型前列腺炎”。
6.神经内分泌因素：前列腺痛患者往往容易发生心率和血压的波动，表明前列腺痛患者的内源性物质介导的神经反射可能是造成前列腺痛及一系列躯体症状的原因。
7.性生活不规律：性生活过频、性交被迫中断、或过多的手淫等，都可使前列腺不正常充血。但性生活过度节制，也会产生长时间的自动兴奋，从而造成被动充血。
8.其他：研究表明，慢性无菌性前列腺炎的发生与自身免疫因素有一定关系。有专家曾在一些关节炎病人的身上发现“抗前列腺抗体”的存在。这类病人往往是因先天或后天免疫缺陷而产生抗前列腺抗体，从而导致前列腺组织损伤。