萎缩性胃窦炎可采用以下方法治疗：
1.一般治疗：戒烟戒酒，减少食盐摄入；避免食用对胃有刺激的食物，如咖啡、浓茶、辛辣食品等；养成细嚼慢咽的习惯，定时定量，少量多餐；避免服用对胃黏膜有损害的药物，如阿司匹林、吲哚美辛、糖皮质激素等。
2.药物治疗：
对症治疗：如果患者有上腹痛、腹胀、早饱等症状，可以使用促胃肠动力药，如多潘立酮、莫沙必利等；如果有反酸、烧心等症状，可以使用抑酸药，如奥美拉唑、兰索拉唑等；如果有幽门螺杆菌感染，可以使用四联疗法，即质子泵抑制剂+两种抗生素+铋剂，疗程为10~14天。
抗抑郁或焦虑药：如果患者有明显的精神症状，如焦虑、抑郁等，可以使用抗抑郁或焦虑药，如阿米替林、氟西汀等。
3.中医治疗：萎缩性胃窦炎属于中医“胃痛”“痞满”等范畴，中医治疗主要是根据患者的症状、舌苔、脉象等进行辨证论治，常用的方法有中药、针灸、按摩等。
4.手术治疗：如果萎缩性胃窦炎并发了重度不典型增生或癌变，需要进行手术治疗，手术方式主要有胃部分切除术和胃大部切除术。
萎缩性胃窦炎是一种常见的慢性胃病，主要由幽门螺杆菌感染、自身免疫、十二指肠反流、年龄、胃黏膜营养因子缺乏等因素引起。其主要病理改变为胃黏膜固有腺体萎缩，常伴有肠化生和异型增生。