怀孕两个月流褐色血液可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎在子宫内着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动、孕酮低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在子宫内停留时间较长时会呈现褐色。孕妇应及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，需要卧床休息，必要时遵医嘱使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起腹腔内出血，出血量少时也表现为褐色分泌物。异位妊娠是一种非常危险的情况，可能会导致大出血、休克，甚至危及生命。因此，一旦怀疑异位妊娠，应立即就医，进行超声检查、血HCG检测等，以明确诊断。确诊后应尽早治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈慢性炎症的一种表现，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，表现为性生活后或妇科检查后阴道少量出血，也可为褐色分泌物。较小的宫颈息肉通常无明显症状，较大的宫颈息肉可能会引起白带增多、血性白带或接触性出血等。宫颈息肉需要手术切除，术后送病理检查。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致怀孕两个月流褐色血液，需要通过超声检查等明确诊断。
此外，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活。如果流褐色血液的同时伴有腹痛、阴道大量出血等症状，应立即就医。