血精子变咖啡色可能会自愈，也可能不会自愈，具体情况需要根据病因来判断。以下是一些可能导致血精子变咖啡色的原因及相应的处理方法：
1.精囊炎：精囊位于前列腺上方，与输精管相连。精囊炎是男性生殖系统的常见炎症，可导致血精。精囊炎引起的血精通常为鲜红色或暗红色，有时可呈咖啡色。治疗方法包括使用抗生素、卧床休息、避免性行为等。大多数情况下，精囊炎可以自愈，但如果症状持续或加重，需要及时就医。
2.前列腺炎：前列腺是男性生殖系统的一部分，前列腺炎可导致前列腺液分泌异常，从而引起血精。前列腺炎引起的血精颜色可呈咖啡色或红色。治疗方法包括使用抗生素、物理治疗、前列腺按摩等。前列腺炎的自愈情况因个体差异而异，一些患者可能需要较长时间的治疗才能康复。
3.精索静脉曲张：精索静脉曲张是精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致睾丸血液循环不畅，引起血精。血精颜色可呈咖啡色或暗红色。精索静脉曲张的治疗方法包括手术治疗和保守治疗（如使用阴囊托、避免长时间站立等）。手术治疗是精索静脉曲张的主要治疗方法，可有效改善症状。
4.其他原因：血精子变咖啡色还可能与其他原因有关，如精囊结石、前列腺肿瘤等。这些情况通常需要进一步的检查和治疗。
需要注意的是，血精子变咖啡色可能是严重疾病的信号，也可能是一些良性病变的表现。如果出现血精子变咖啡色的情况，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
此外，在治疗期间，患者应注意休息，避免过度劳累和性行为，保持良好的生活习惯。同时，应遵循医生的建议，按时服药或接受治疗，并定期复查，以确保病情得到有效控制和康复。