怀孕两三周时总是流血，可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动等可能导致先兆流产，出现阴道流血。此外，胚胎染色体异常、孕妇患有全身性疾病等也可能增加先兆流产的风险。如果出血量较少，没有腹痛等不适，可以通过卧床休息、口服孕激素等药物进行保胎治疗。如果出血量较多，伴有腹痛等症状，可能是难免流产，需要及时就医。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，随着胚胎的生长，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。因此，如果怀孕两三周时出现阴道流血，同时伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，需要警惕异位妊娠的可能，及时就医，进行超声检查等明确诊断。
3.宫颈病变：宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变也可能导致阴道流血。如果怀孕前有宫颈疾病，怀孕后可能会加重病情，出现阴道流血。此外，宫颈癌也可能导致怀孕早期阴道流血。因此，如果怀孕两三周时出现阴道流血，需要进行妇科检查，了解宫颈情况。
4.其他：葡萄胎、生化妊娠等也可能导致怀孕早期阴道流血。
总之，怀孕两三周时总是流血是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快。