宫颈纳囊通常是由于宫颈的生理性变化或慢性炎症等原因引起。生理性变化是宫颈鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，导致腺管口阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿；慢性炎症则可能使腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成，压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，进而形成纳囊。
一、生理性因素导致
在女性的生理过程中，宫颈的鳞状上皮和柱状上皮会发生正常的更替。当新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口时，就有可能阻塞腺管，使得腺体分泌的液体无法正常排出，逐渐潴留形成纳囊，这种情况多发生在育龄期女性，属于正常的生理现象，一般无需特殊处理。
二、慢性炎症影响
长期的宫颈慢性炎症，比如宫颈炎等疾病，会使得宫颈局部的组织发生一系列变化。炎症会引起宫颈腺管周围的结缔组织增生，这些增生的组织可能会压迫宫颈腺管，导致腺管狭窄甚至完全阻塞，从而阻碍了腺体分泌物的排出，久而久之就形成了纳囊。这种情况在有过宫颈炎症病史的女性中较为常见。
三、宫颈损伤相关
女性在分娩、流产、宫腔操作等过程中，可能会对宫颈造成一定的损伤。宫颈损伤后，修复过程中也有可能导致腺管口阻塞，进而引发宫颈纳囊。例如，多次进行人工流产手术的女性，宫颈受到损伤的概率相对较高，发生宫颈纳囊的风险可能会增加。
四、激素水平影响
女性体内的激素水平变化也可能与宫颈纳囊的形成有关。在青春期前和绝经后，女性体内的雌激素水平相对较低，宫颈柱状上皮会回缩至宫颈管内，此时一般较少出现宫颈纳囊；而在生育年龄，雌激素水平相对较高，宫颈柱状上皮外移，相对更容易出现腺管口阻塞的情况，从而增加了宫颈纳囊的发生几率。