子宫内膜薄通常由多种因素引起。首先是内分泌失调，如雌激素水平不足等，会影响子宫内膜的正常生长。其次是人工流产等宫腔操作，可能损伤子宫内膜基底层，导致内膜变薄。再者，子宫发育畸形也可能造成子宫内膜薄的情况。另外，某些全身性疾病，像严重的贫血等，也会对子宫内膜的生长产生不利影响。
内分泌失调因素
内分泌系统中雌激素起着关键作用，若雌激素分泌不足，无法为子宫内膜生长提供充足“养分”，就易引发子宫内膜薄。比如多囊卵巢综合征患者，常存在内分泌紊乱，雌激素水平异常，进而影响子宫内膜厚度。
宫腔操作损伤因素
人工流产手术时，器械操作可能直接刮伤子宫内膜基底层，基底层受损后修复困难，会使子宫内膜变薄。多次人工流产的女性，发生子宫内膜薄的风险相对更高。
子宫发育畸形因素
先天性子宫发育畸形，比如子宫纵隔等情况，会导致子宫形态异常，影响子宫内膜的正常发育和生长，使得子宫内膜相对较薄。
全身性疾病因素
严重贫血患者，身体整体处于缺血缺氧状态，影响子宫血供，从而不利于子宫内膜的生长，容易出现子宫内膜薄的状况。