吃灵芝孢子粉时需注意避免与某些食物、药物同时食用，以及特殊人群需特别留意。
一、忌与生冷油腻食物同食
生冷油腻食物可能影响肠胃对灵芝孢子粉的吸收，比如大量食用冰淇淋、油炸食品等，会增加肠胃负担，降低灵芝孢子粉的功效。
二、忌与某些药物同服
若正在服用其他药物，灵芝孢子粉可能与之产生相互作用。例如正在服用抗凝药的人群，灵芝孢子粉可能增强抗凝作用，增加出血风险，所以在服用其他药物时，应咨询医生后再决定是否服用灵芝孢子粉。
三、过敏体质者需谨慎
过敏体质者食用灵芝孢子粉后，可能出现过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹等。这类人群在食用前最好先小剂量试用，观察有无不适反应。
四、孕妇及哺乳期女性忌用
目前缺乏孕妇及哺乳期女性食用灵芝孢子粉的安全研究数据，为了安全起见，孕妇及哺乳期女性不建议食用灵芝孢子粉，以免对自身和胎儿、婴儿产生未知影响。