引起内裤上有深褐色分泌物以及肚子痛的原因有很多，可能是生理性的，也可能是病理性的，具体如下：
1.排卵期出血：如果处于两次月经中间，即排卵期，可能会出现排卵期出血，这是由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，有时还会伴有下腹疼痛。一般出血量较少，持续时间为2-3天，可自行停止，无需特殊处理。
2.功能性子宫出血：主要是由于内分泌失调引起的，常表现为月经周期不规律、经量过多、经期延长或不规则出血等。此外，还可能伴有乏力、头晕、心慌等贫血症状。治疗方法主要是止血和调整月经周期，可使用孕激素、雌激素等药物。
3.子宫内膜息肉：是子宫局部内膜过度生长所致，数量可单个或多个，直径从数毫米到数厘米不等。息肉多为良性，但也有恶变的可能。主要症状为月经间期出血、经量增多、经期延长或不规则阴道出血等，还可能伴有腹痛。治疗方法主要是手术切除息肉，可在宫腔镜下进行。
4.子宫肌瘤：是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，也是女性最常见的良性肿瘤。主要症状与肌瘤的部位、大小、生长速度等有关，常见的有月经异常、腹部肿块、白带增多、下腹坠胀、腹痛等。如果肌瘤较大或生长较快，可能会引起腹痛。治疗方法主要包括药物治疗、手术治疗等，具体治疗方法需要根据肌瘤的大小、位置、症状等因素来决定。
5.其他：子宫内膜炎、盆腔炎、宫颈炎等妇科炎症，宫内节育器放置不当，异位妊娠等也可能会出现类似症状。
如果出现内裤上有深褐色分泌物以及肚子痛的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。此外，在日常生活中，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，注意饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。