药流后流褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.药流不全：药流后通常会有蜕膜组织排出，表现为阴道流血，一般持续3~7天。如果药流后阴道流血时间较长，超过10天，或者流血量较多，同时伴有腹痛、发热等症状，可能是药流不全，需要及时就医，进行B超检查，明确诊断。如果确诊药流不全，需要进行清宫手术，清除宫腔内残留的组织。
2.子宫复旧不良：药流后子宫需要逐渐恢复到正常大小，这个过程需要一定的时间。如果子宫复旧不良，可能会导致阴道流血时间延长，出现褐色分泌物。此时可以在医生的指导下，使用益母草颗粒、新生化颗粒等药物，促进子宫收缩，帮助子宫恢复。
3.宫腔感染：药流后如果不注意个人卫生，或者过早同房，可能会导致宫腔感染，出现阴道分泌物增多、异味、腹痛等症状。此时需要及时就医，进行抗感染治疗，常用的药物有头孢呋辛酯片、甲硝唑片等。
4.其他：药流后流褐色分泌物还可能与内分泌失调、子宫内膜炎等原因有关。
需要注意的是，药流后出现褐色分泌物时，应及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意个人卫生，保持外阴清洁，一个月内禁止盆浴和同房，避免感染。药流后要注意休息，避免劳累和剧烈运动，加强营养，促进身体恢复。