发烧头疼的原因主要有感染性因素和非感染性因素。
感染性因素包括病毒、细菌、真菌等病原体引起的呼吸道、胃肠道等部位的感染。病原体释放的毒素或炎症因子可以刺激体温调节中枢，引起发热，同时也可能导致头部血管扩张、牵拉或刺激头部痛觉敏感结构，引起头疼。
非感染性因素也有很多，比如：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可以导致全身炎症反应，出现发热和头疼。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤可以引起发热和头疼，可能与肿瘤坏死、释放致热源或侵犯头部组织有关。
中枢神经系统疾病：脑炎、脑膜炎、脑脓肿等中枢神经系统感染或非感染性疾病，可直接刺激脑膜或引起颅内压升高，从而出现头疼，同时可能伴有发热。
药物热：某些药物过敏或不良反应可以引起发热和头疼。
其他：如中暑、热射病、贫血、水电解质紊乱、内分泌疾病等也可能导致发烧头疼。
治疗方法主要是针对病因进行治疗。如果是感染引起的，需要使用抗生素、抗病毒药物等进行抗感染治疗；如果是自身免疫性疾病或恶性肿瘤等引起的，需要针对原发病进行治疗；如果是药物热，需要停用可疑药物；如果是其他原因引起的，需要进行相应的处理。同时，还可以使用退烧药缓解发热和头疼症状，如对乙酰氨基酚、布洛芬等。但需要注意的是，退烧药只能缓解症状，不能消除病因，因此在使用退烧药的同时，还需要积极寻找病因并进行治疗。
此外，在发烧头疼期间，应注意休息，多喝水，保持室内空气流通，饮食清淡易消化。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。