早上起来小肚子总是疼，可能与以下原因有关：
1.腹部受凉：晚上睡觉时腹部受凉，可能会导致胃肠道痉挛，出现小肚子疼痛的症状。
2.饮食因素：前一天食用过多辛辣、油腻、刺激性食物，或暴饮暴食、过度饮酒等，可能会导致消化不良，引起小肚子疼痛。
3.肠道疾病：如肠炎、肠痉挛、肠梗阻等，可导致肠道黏膜炎症或蠕动异常，引起小肚子疼痛。
4.泌尿系统疾病：如膀胱炎、尿道炎、前列腺炎等，可导致泌尿系统炎症或刺激，引起小肚子疼痛。
5.妇科疾病：如盆腔炎、宫颈炎、子宫内膜异位症等，可导致妇科炎症或盆腔充血，引起小肚子疼痛。
6.其他：如腹部肌肉拉伤、腹部外伤、疝气等，也可能导致小肚子疼痛。
如果小肚子疼痛持续时间较长或伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐、腹泻、尿频、尿急、尿痛等，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意腹部保暖，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，保持良好的饮食习惯和生活习惯。