抗原和抗体在性质、来源、作用、结构和识别对象上存在明显区别，抗原能刺激免疫反应，抗体则是应答产物，二者相互作用维护免疫平衡。
1、性质不同：抗原是能够引起免疫反应的物质，具有免疫原性和反应原性；抗体是机体受到抗原刺激后产生的能与相应抗原特异性结合的免疫球蛋白。
2、来源不同：抗原可以来自外界环境，如细菌、病毒、花粉等，也可以是自身的异常细胞或蛋白质；抗体则由免疫系统中的浆细胞合成和分泌。
3、作用不同：抗原的作用是激活免疫系统，引发免疫应答；抗体的主要作用是识别和结合抗原，形成免疫复合物，中和毒素、调理吞噬作用、介导细胞毒性等，以清除抗原。
4、结构不同：抗原的结构复杂多样，可以是蛋白质、多糖、脂类等大分子物质，也可以是小分子化合物；抗体具有独特的结构，包括两条重链和两条轻链，形成可变区和恒定区。
5、识别对象不同：抗原具有多种表位，可以被多种不同的抗体识别；而抗体具有特异性，通常只能识别特定的抗原表位。
6、存在时间不同：抗原在引发免疫反应后，可能持续存在于体内，也可能被清除；抗体在初次免疫应答后逐渐产生，在体内存在的时间长短不一，有的是短期存在，有的会形成记忆细胞，再次遇到相同抗原时迅速产生大量抗体。
7、数量和种类不同：自然界中存在无数种类的抗原；而抗体的种类虽然也很多，但相对于抗原的种类来说是有限的。
抗原和抗体在免疫反应中发挥着不同但相互关联的作用，共同维护着机体的免疫平衡和健康。