九价、四价和二价HPV疫苗的主要区别在于可预防的HPV病毒型别不同。
二价HPV疫苗可预防HPV16和HPV18型病毒感染；四价HPV疫苗除了可预防HPV16和HPV18型病毒感染外，还可预防HPV6和HPV11型病毒感染；九价HPV疫苗则在四价HPV疫苗的基础上，增加了预防HPV31、HPV33、HPV45、HPV52和HPV58型病毒感染的功效。
因此，九价HPV疫苗可预防的HPV病毒型别最多，四价次之，二价最少。需要注意的是，HPV疫苗并不能预防所有的HPV型别感染，且接种HPV疫苗后仍需定期进行宫颈癌筛查。