一、组成成分的区别
逍遥丸主要由柴胡、当归、白芍、白术（炒）、茯苓、炙甘草、薄荷组成；加味逍遥丸是在逍遥丸的基础上加入了牡丹皮和栀子，所以二者组成成分有差异。
二、功效方面的区别
逍遥丸
-疏肝健脾：对于因肝郁脾虚引起的两胁胀痛、郁闷不舒等有一定调理作用，从中医角度，肝郁会影响脾胃功能，导致脾胃运化失常，而逍遥丸中的柴胡能疏肝解郁，白术、茯苓等可健脾益气，恢复脾胃正常运化。现代研究也表明其可能对机体的神经-内分泌-免疫调节有一定作用，有助于改善因肝郁脾虚导致的身体不适状态。一般适用于成年女性因情绪因素等导致的肝郁脾虚情况，不同年龄、性别中，女性相对更易因情绪波动出现肝郁脾虚相关问题，生活方式上若长期精神压力大、作息不规律也可能诱发，有肝郁脾虚病史者可考虑使用。
-养血调经：常用于治疗月经不调，因为其能调理肝郁引起的气血不畅，从而使月经恢复正常。对于月经周期不规律、经量或多或少等由肝郁血虚引起的月经问题有一定改善作用。
-加味逍遥丸
-清热疏肝健脾：在逍遥丸疏肝健脾、养血调经功效基础上，增加了清热的作用，适用于肝郁血虚、肝脾不和兼有郁热之证。比如出现烦躁易怒、颊赤口干、食欲不振或有潮热，以及女子月经先期、经行不畅、乳房与小腹胀痛等情况时，加味逍遥丸的清热作用可以缓解体内郁热相关症状。对于有肝郁血虚同时伴有内热表现的人群更为适用，在年龄上，成年人群中若出现上述兼有郁热的情况均可考虑，性别上女性相对常见此类情况，生活方式中长期情绪抑郁且有化热倾向（如饮食偏辛辣、长期熬夜等导致体内有热象）者易出现，有相关病史者可使用。
三、适用病症侧重的区别
逍遥丸更侧重于调理肝郁脾虚引起的较为单纯的相关症状，如一般的肝郁导致的情绪不佳伴脾胃不适、轻度月经不调等；加味逍遥丸则在前者基础上，针对肝郁血虚同时有内热表现的病症，像有热象的月经不调、烦躁等情况针对性更强。
总之，加味逍遥丸是在逍遥丸基础上增加了清热功效，适用病症在逍遥丸基础上有兼有郁热的扩展，在选择使用时需根据具体病症表现，在医生指导下合理选用，特殊人群如孕妇等使用时更需谨慎咨询医生。