衣原体和支原体都是一类能通过滤菌器、严格细胞内寄生、并有独特发育周期的原核细胞型微生物。它们之间主要有以下区别：
1.大小形态
衣原体：个体较大，直径约0.3-0.5μm，有细胞壁，呈圆形或椭圆形。
支原体：个体较小，直径约0.1-0.3μm，无细胞壁，多呈圆形或丝状。
2.细胞膜
衣原体：有细胞膜，含有胆固醇。
支原体：细胞膜中胆固醇含量较少。
3.代谢方式
衣原体：代谢较为活跃，具有核糖体和较完善的酶系统，能进行多种代谢活动。
支原体：代谢相对较弱，只能进行简单的代谢过程。
4.繁殖方式
衣原体：二分裂方式繁殖。
支原体：二分裂或出芽方式繁殖。
5.培养特性
衣原体：营养要求较高，需要在含有血清、胆固醇等特殊培养基上生长。
支原体：对营养要求不高，在普通培养基上即可生长。
6.所致疾病
衣原体：可引起沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖道感染、性病淋巴肉芽肿等疾病。
支原体：可引起呼吸道、泌尿生殖道等部位的感染，如肺炎支原体引起肺炎，脲原体、人形支原体引起尿道炎等。
7.对抗生素的敏感性
衣原体：对四环素、红霉素等抗生素敏感。
支原体：对青霉素、头孢菌素等抗生素不敏感，对四环素、红霉素、螺旋霉素等有一定敏感性。
需要注意的是，衣原体和支原体的区别是相对的，在某些方面它们也有一些相似之处。在实际诊断和治疗中，需要根据具体情况进行综合判断。如果怀疑有衣原体或支原体感染，应及时就医，进行相关检查和治疗。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，以预防感染的发生。