宫颈纳囊主要是由于宫颈腺管口狭窄或阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。
生理性因素
正常宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。这种情况多见于育龄期女性，一般无明显症状，多在妇科检查时发现。
病理性因素
慢性炎症长期刺激宫颈，使宫颈腺管口黏膜充血、水肿，导致腺管口狭窄，也可引起宫颈纳囊。常见于有宫颈慢性炎症病史的女性，可能伴有白带增多等症状。
损伤因素
宫颈局部损伤，如分娩、流产、手术操作等，可能导致宫颈腺管口受损，进而引起纳囊形成。有过相关宫颈损伤经历的女性相对更容易出现宫颈纳囊。
激素影响
体内激素水平的变化也可能对宫颈纳囊的形成产生一定影响。例如，青春期女性雌激素水平变化，可能在一定程度上影响宫颈腺体的状态，增加纳囊形成风险。