重组干扰素可能出现多种副作用。常见的有流感样症状，如发热、寒战、乏力等，一般在用药初期较易出现；还可能影响血液系统，导致白细胞、血小板减少；部分患者会出现胃肠道反应，像恶心、呕吐、食欲不振等；皮肤方面可能出现皮疹、瘙痒等表现；另外，还可能引起精神神经系统症状，如头痛、抑郁、焦虑等。
一、流感样症状
多数患者在使用重组干扰素后几小时至2 - 3天内可能出现流感样症状，表现为发热，体温可在38℃左右，伴有寒战、全身乏力等，这是因为干扰素会引起机体的免疫反应，刺激发热介质释放导致。
二、血液系统影响
可抑制骨髓造血功能，使外周血中白细胞计数降低，患者易出现感染风险增加；血小板减少时，会有皮肤瘀点、瘀斑等出血倾向表现，这与干扰素对骨髓巨核细胞的抑制有关。
三、胃肠道反应
干扰素可能刺激胃肠道黏膜，导致恶心、呕吐，影响患者的食欲，使进食量减少，长期可能导致营养不良等问题，其机制可能与干扰胃肠激素调节及直接刺激胃肠道神经有关。
四、皮肤表现
部分患者用药后会出现皮疹，可为红斑、丘疹等不同形态，还可能伴有瘙痒，这与干扰素引起的免疫介导的皮肤炎症反应相关。
五、精神神经系统症状
一些患者会出现头痛，可能是干扰素影响脑血管舒缩功能所致；还可能出现抑郁、焦虑等情绪改变，这可能与干扰素对中枢神经系统神经递质代谢的影响有关，尤其对于本身有精神病史或情绪易波动的人群更需密切关注。
对于特殊人群，如老年人，其肝肾功能相对较弱，更易受到干扰素副作用的影响，需加强监测；孕妇及哺乳期女性使用重组干扰素需谨慎，因为干扰素可能通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿；有血液系统疾病、精神疾病病史的患者使用时要权衡利弊，严格在医生指导下使用，用药过程中要密切观察自身症状变化，如有异常及时就医。