牙齿有黑点通常由龋齿、色素沉着等原因引起。
一、龋齿导致
细菌在牙齿表面代谢糖类产酸，侵蚀牙体硬组织，初期可能表现为牙齿表面出现黑点。比如长期不注意口腔卫生，食物残渣残留，细菌滋生，就易引发龋齿出现黑点。儿童若爱吃甜食且刷牙不认真，更易因龋齿出现牙齿黑点。
二、色素沉着所致
长期饮用咖啡、浓茶、可乐等深色饮品，或吸烟，会使色素沉积在牙齿表面形成黑点。这是因为这些饮品和烟雾中的色素附着在牙齿，时间久了就会呈现黑点状。长期吸烟人群牙齿往往容易有色素沉着形成的黑点。
三、牙菌斑引发
牙菌斑是一种细菌性生物膜，若未及时清除，会逐渐堆积，可能使牙齿表面出现黑点样改变。牙菌斑不断积累，会影响牙齿健康，进而出现黑点情况。口腔卫生较差的人，牙菌斑更容易形成导致牙齿有黑点。
四、氟斑牙因素
如果在牙齿发育矿化时期摄入过多氟元素，可能导致氟斑牙，牙齿表面会出现白垩色、黄褐色等改变，看起来像黑点。在高氟地区生活的人群，牙齿易受氟斑牙影响出现黑点情况。