胎儿消化系统畸形筛查主要通过B超检查进行，一般在孕18-24周进行。
B超检查可以观察胎儿的腹部，了解胎儿的胃、肠道、肝脏、胆囊等器官的发育情况。如果发现胎儿有消化系统畸形，医生会进一步进行详细的检查和评估，以确定畸形的类型和严重程度。
除了B超检查，还可以通过其他检查方法来辅助诊断胎儿的消化系统畸形，如羊水穿刺、胎儿镜检查等。这些检查方法可以更深入地了解胎儿的染色体和基因情况，以及胎儿的内部结构。
需要注意的是，胎儿消化系统畸形的筛查并不是100%准确的，有些畸形可能会被漏诊或误诊。因此，孕妇在孕期需要按时进行产前检查，密切关注胎儿的发育情况。如果有任何异常情况，应及时咨询医生，以便采取相应的措施。