阴茎根部长了很多小痘痘，有点疼，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因和建议：
1.毛囊炎：由于细菌感染引起毛囊发炎，可出现红色丘疹，伴有疼痛。可以外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等抗生素软膏，口服头孢呋辛酯片等抗生素。注意局部清洁，避免挤压。
2.皮脂腺异位症：病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。表现为针头大小、孤立的、散在的或多发的丘疹，颜色为黄色或白色。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初期为淡红色丘疹，逐渐增大增多，呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面湿润，质地柔软，触碰易出血。可通过醋酸白试验、HPV检测等明确诊断。治疗方法包括物理治疗（如激光、冷冻、电灼等）、手术治疗、光动力治疗等。此外，还可以使用免疫调节剂，如干扰素等，以提高机体免疫力，减少复发。
4.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为红斑，很快出现成群的小水疱，疱液清，疱壁薄，易溃破形成浅表溃疡。伴有明显的疼痛。可通过病毒培养、核酸检测等明确诊断。治疗方法包括抗病毒药物（如阿昔洛韦、伐昔洛韦等）、局部外用药物（如炉甘石洗剂、阿昔洛韦乳膏等）等。此外，还需要注意休息，避免劳累，保持局部清洁，避免感染。
5.其他：阴茎根部的小痘痘还可能是传染性软疣、扁平湿疣、阴茎珍珠状丘疹等原因引起。
总之，阴茎根部长了很多小痘痘，有点疼，可能是由多种原因引起的，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。同时，要注意局部清洁，避免搔抓和挤压，避免不洁性行为。