小肚子两侧刺痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统易受病原体感染，发生炎症。盆腔炎是指女性盆腔生殖器官、子宫周围的结缔组织及盆腔腹膜的炎症，可局限于一个部位，也可几个部位同时发病。炎症可导致小肚子两侧刺痛，并伴有白带异常、月经失调等症状。
2.附件炎：附件炎是指输卵管和卵巢的炎症。同样会出现小肚子两侧疼痛、坠胀，以及月经失调等症状，且疼痛在性交后、月经前会加重。
3.排卵期腹痛：在排卵期，卵泡破裂，卵子排出，卵泡液对腹膜可能有一定的刺激作用，所以有时会出现左右交替的、每月一次的轻微腹痛，这属于生理性腹痛，一般不需要特殊处理。
4.其他：除了上述原因，小肚子两侧刺痛还可能与异位妊娠、卵巢囊肿蒂扭转、输尿管结石等有关。
如果出现小肚子两侧刺痛，建议及时就医，进行相关检查，如超声、白带常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，在日常生活中，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免不洁性生活；注意保暖，避免着凉；适当运动，增强体质。