碘伏消毒液可用于皮肤消毒、黏膜消毒等。皮肤消毒时，用棉签或棉球蘸取适量碘伏，由伤口中心向外周涂抹，面积需超过伤口周围至少 1 - 2 厘米，待自然干燥即可。
一、皮肤轻度擦伤消毒
对于皮肤轻度擦伤，先用生理盐水清洁伤口，再用碘伏消毒，每日可消毒 2 - 3 次，能有效预防感染，促进伤口愈合，尤其适用于儿童玩耍时的小擦伤，因其刺激性相对较小。
二、注射部位消毒
在进行肌肉注射、静脉穿刺等操作前，需对注射部位皮肤用碘伏消毒。以注射点为中心，直径应达到 5 厘米左右，顺时针和逆时针方向交替涂抹，待干后再进行操作，可降低注射部位感染风险，对不同年龄段人群的注射部位消毒均适用。
三、黏膜消毒
如口腔黏膜消毒，可使用含有碘伏的漱口液，按照说明书稀释后漱口，每次含漱 30 秒左右，能起到清洁口腔、减少细菌的作用，尤其适合口腔术后患者或口腔有炎症者，但儿童使用时需在成人监护下，避免误吞。
四、伤口较深或污染严重时
若伤口较深且污染严重，除了先用碘伏消毒外，还需及时就医进一步处理，碘伏消毒可初步杀灭伤口表面的大部分细菌，但不能替代专业的清创缝合等治疗，对于有基础疾病如糖尿病等的患者，更要重视伤口的规范处理，防止感染加重。