转氨酶高的药物治疗需根据具体病因选择。若是病毒性肝炎引起的转氨酶高，可能会用到抗病毒药物；药物性肝损伤导致的转氨酶高，需停用相关药物并可根据情况选用护肝药物等；自身免疫性肝病引发的转氨酶高，可能会用到免疫抑制剂等。
一、病毒性肝炎导致的转氨酶高
由乙肝病毒等引起的病毒性肝炎致转氨酶高时，可能会使用恩替卡韦等抗病毒药物来抑制病毒复制，从而改善转氨酶高的状况，但具体用药需由医生根据患者病情精准判断。
二、药物性肝损伤引起的转氨酶高
因服用特定药物出现药物性肝损伤致转氨酶高，首先要停用可疑药物，之后可使用多烯磷脂酰胆碱等护肝药物来保护肝细胞，促进肝细胞修复，帮助降低转氨酶。
三、自身免疫性肝病导致的转氨酶高
自身免疫性肝炎等自身免疫性肝病引起转氨酶高时，可能会用到糖皮质激素等免疫抑制剂，以调节自身免疫反应，进而使转氨酶水平下降。但这类药物使用需严格遵循医嘱，因为其有一定副作用。
四、其他原因导致的转氨酶高
如酒精性肝病引起的转氨酶高，首要的是非药物干预，即严格戒酒，同时注意合理饮食、适当运动等，一般随着肝脏损伤的修复，转氨酶可逐渐恢复正常；对于脂肪肝导致的转氨酶高，也是以生活方式调整为主，如控制体重、均衡饮食、增加运动量等，必要时可在医生指导下辅助使用一些有助于代谢脂肪、保护肝脏的药物，但需谨慎选择。
特殊人群方面，孕妇若出现转氨酶高情况，用药需格外谨慎，因为很多药物可能会对胎儿产生影响，必须在医生充分评估利弊后，选择对胎儿影响最小的方式来处理；儿童转氨酶高时，首先考虑非药物的生活调整，如保证充足睡眠、合理饮食等，若需用药，更是要严格遵医嘱，选择儿童适用且安全的药物，避免使用可能对儿童肝脏有损害的药物。