大拇指甲盖凹陷，可能是以下原因导致的：
1.营养不良：(1)长期节食、挑食或饮食不均衡，可能导致指甲营养不良，出现凹陷。(2)某些疾病，如慢性消化系统疾病、慢性腹泻等，也可能影响营养吸收，导致指甲凹陷。
2.真菌感染：(1)灰指甲是由真菌感染引起的，甲板会出现变色、增厚、凹陷等症状。(2)如果指甲受到外伤，容易感染真菌，引发灰指甲。
3.扁平苔藓：(1)扁平苔藓是一种皮肤疾病，也可能累及指甲，导致指甲出现凹陷、纵嵴等改变。(2)扁平苔藓的病因尚不清楚，可能与自身免疫、遗传、感染等因素有关。
4.其他：(1)银屑病、斑秃等疾病也可能导致指甲出现异常。(2)长期接触某些化学物质，如美甲产品、洗涤剂等，也可能对指甲造成损害。
如果发现大拇指甲盖凹陷，建议及时就医，明确原因。如果是营养不良导致的，可以通过调整饮食来改善；如果是真菌感染引起的，需要使用抗真菌药物进行治疗；如果是扁平苔藓等疾病导致的，需要针对原发病进行治疗。此外，平时应注意保护指甲，避免受伤，避免长期接触化学物质。