肛瘘手术的费用一般在5000~10000元左右，具体费用与肛瘘的复杂程度、手术方式、地区、医院等因素有关。
肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。主要病因是肛管或直肠周围脓肿，脓肿自行破溃或切开引流后，肛管或直肠皮肤破口处形成的管道。其主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，可再次出现局部肿痛，甚至发热等全身症状。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式有瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等。不同的手术方式，费用也不同。此外，不同地区、不同医院的收费标准也有所差异。