颅底凹陷症多因先天发育畸形导致，通常采取手术治疗，以复位内固定、解除椎动脉压迫、重建后颅窝容积和稳定性为原则。以下是常见的手术方法：
1.寰枢椎经关节突螺钉内固定+后路枕颈融合术：适用于寰枢椎脱位的患者，可直接复位寰枢椎脱位，固定寰枢椎，恢复寰枢椎的正常序列和稳定性。
2.寰枢椎椎弓根螺钉内固定+后路枕颈融合术：与上述手术类似，可直接复位寰枢椎脱位，固定寰枢椎，不同的是该手术使用的是寰枢椎椎弓根螺钉，固定更牢固。
3.寰枕融合术：适用于寰枕融合畸形的患者，可直接复位寰枕畸形，恢复寰枕的正常序列和稳定性。
4.改良的Brodmann手术：适用于颅底凹陷症合并小脑扁桃体下疝的患者，可通过松解枕颈部肌肉、颅骨牵引复位、后路枕颈融合等方法，解除椎动脉压迫，重建后颅窝容积和稳定性。
需要注意的是，手术治疗颅底凹陷症的效果因人而异，术后可能会出现一些并发症，如感染、出血、神经损伤等。因此，在手术前，医生会对患者进行全面的评估，制定个性化的手术方案，并告知患者手术的风险和并发症。患者也应积极配合医生的治疗，术后注意休息，避免剧烈运动，定期复查。