发烧眼睛疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.感染：发烧通常是身体对感染的一种免疫反应。感染可以导致眼部炎症，如结膜炎、角膜炎等，从而引起眼睛疼痛。
2.病毒感染：常见的病毒感染，如流感、腺病毒等，可能会影响眼睛，导致眼睛疼痛和不适。
3.细菌感染：某些细菌感染，如肺炎链球菌、脑膜炎球菌等，也可能引起眼部感染和疼痛。
4.免疫系统反应：发烧时，免疫系统会释放细胞因子和化学物质，这些物质可能影响眼部组织，导致疼痛和炎症。
5.眼部并发症：某些情况下，发烧可能导致眼部并发症，如巩膜炎、虹膜炎等，这些疾病会引起眼睛疼痛。
6.药物副作用：某些退烧药物可能会引起眼部不适或疼痛。
7.其他潜在疾病：发烧本身可能是某种潜在疾病的症状，如脑膜炎、脑炎、眼部疾病等，这些疾病也可能导致眼睛疼痛。
如果发烧伴有眼睛疼痛，建议采取以下措施：
1.就医：咨询医生，进行详细的眼部检查和身体检查，以确定病因并获得适当的治疗。
2.控制发烧：按照医生的建议使用退烧药，以缓解发烧症状。
3.眼部护理：保持眼部清洁，避免揉眼，使用人工泪液等眼药水来缓解眼睛干涩和不适。
4.注意休息：确保充足的休息，避免过度用眼。
5.遵循医生的治疗方案：医生可能会开具抗生素、抗病毒药物或其他治疗眼部感染的药物，应按照医生的建议使用。
需要注意的是，眼睛疼痛可能是严重疾病的信号，如果疼痛持续不缓解、加重或伴有其他症状，如视力模糊、眼红、分泌物增多等，应及时就医，以便早期诊断和治疗。此外，在发烧期间，应密切观察身体其他部位的症状变化，如出现头痛、呕吐、皮疹等异常，也应及时告知医生。