一只眼睛在眨的时候痛，可能与以下原因有关。
1.感染
（1）结膜炎
由于细菌、病毒等感染结膜而引起的炎症，可导致眼睛红肿、疼痛、流泪、分泌物增多等症状，在眨眼时疼痛更为明显。
（2）角膜炎
角膜的炎症，可由感染、外伤、免疫因素等引起，患者会出现畏光、流泪、疼痛、视力下降等症状，眨眼时也会感到疼痛。
（3）麦粒肿
麦粒肿是睫毛毛囊附近的皮脂腺或睑板腺的急性化脓性炎症，可表现为眼皮红肿、疼痛，眨眼时疼痛加重。
2.外伤
眼部受到外伤，如碰撞、划伤等，可导致眼部组织损伤，引起疼痛。
3.干眼症
泪液分泌不足或泪液质量下降，可导致眼睛干涩、疼痛，眨眼时疼痛更为明显。
4.其他
（1）青光眼
眼压升高可导致眼部疼痛，疼痛可放射至头部，在眨眼时可能会加重。
（2）虹膜睫状体炎
虹膜和睫状体的炎症，可导致眼睛疼痛、畏光、流泪等症状，眨眼时疼痛明显。
（3）屈光不正
近视、远视、散光等屈光不正可导致眼睛疲劳、疼痛，眨眼时可能会加重。
如果出现一只眼睛在眨的时候痛的情况，建议及时就医，进行详细的眼部检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，避免长时间用眼，保持充足的睡眠。对于儿童、老年人、孕妇等特殊人群，眼部问题可能更为复杂，应更加重视并及时就医。