跑步时肾疼可能是由以下原因引起的：
1.肾脏疾病：如肾结石、肾炎等，这些疾病可能导致肾脏结构或功能异常，从而引起疼痛。
2.腰部肌肉或韧带损伤：跑步时腰部肌肉或韧带过度拉伸或受伤，也可能导致疼痛。
3.姿势不正确：跑步时姿势不正确，如过度前倾或过度后仰，可能导致腰部受力不均，引起疼痛。
4.缺乏热身或拉伸：跑步前没有充分热身或拉伸，身体肌肉和关节没有准备好，容易引起疼痛。
5.过度疲劳：长时间或高强度的跑步可能导致身体疲劳，腰部肌肉容易出现疼痛。
6.其他因素：如腹部器官疾病、腰椎间盘突出等，也可能引起类似症状。
如果在跑步时出现肾疼，建议采取以下措施：
1.立即停止跑步：避免疼痛加重。
2.休息：给腰部足够的休息时间，避免进一步损伤。
3.冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在疼痛部位，每次15-20分钟，每天数次，有助于减轻疼痛和肿胀。
4.按摩：轻轻按摩疼痛部位，缓解肌肉紧张。
5.就医：如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，进行详细的检查，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
此外，为了预防跑步时肾疼的发生，可以注意以下几点：
1.保持良好的跑步姿势：身体保持正直，步伐适中，避免过度前倾或后仰。
2.逐渐增加跑步强度和距离：避免突然增加跑步的难度或距离。
3.充分热身和拉伸：跑步前进行充分的热身活动，跑步后进行拉伸，帮助放松肌肉。
4.注意身体状况：如果身体有不适或疾病，应在医生的建议下进行运动。
5.穿着合适的跑鞋：选择合适的跑鞋，提供良好的支撑和缓冲。
6.保持水分摄入：充足的水分摄入有助于维持身体的水分平衡，预防肌肉疲劳。
需要注意的是，每个人的身体状况不同，如果对跑步时肾疼的原因存在疑虑，最好咨询医生或专业的运动医学专家的建议。他们可以根据个人情况进行详细的评估和指导。