宫颈囊肿多由宫颈腺管口狭窄或阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成。
生理性因素
宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。这种情况多见于育龄女性，通常无明显症状，多在妇科检查时发现。
病理性因素
慢性炎症长期刺激宫颈，使宫颈组织反复发生充血、水肿，炎性细胞浸润及结缔组织增生，导致宫颈腺管口狭窄，引发宫颈囊肿。常见于有宫颈慢性炎症病史的女性，可能伴有白带增多等症状。
损伤因素
分娩、流产、手术操作等造成宫颈损伤，使宫颈腺管口受损，进而引起阻塞，形成宫颈囊肿。有过相关妇科操作或经历过分娩、流产的女性需留意宫颈囊肿情况。
激素影响
体内激素水平变化可能影响宫颈腺体的分泌和导管功能，从而增加宫颈囊肿形成的风险。处于青春期、妊娠期等激素水平波动较大时期的女性，相对更易出现这种情况。