跑步时腰两侧疼可能与以下原因有关：
1.腰部肌肉劳损：如果在跑步前没有进行充分的热身运动，或者跑步姿势不正确，可能会导致腰部肌肉劳损，从而引起疼痛。
2.腰椎间盘突出：腰椎间盘突出症是一种常见的脊柱疾病，当突出的椎间盘压迫神经根时，可能会导致腰部疼痛，同时还可能伴有下肢麻木、无力等症状。
3.肾脏疾病：如肾结石、肾盂肾炎等，也可能导致腰部疼痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
4.腹部疾病：如胆囊炎、胰腺炎等，也可能引起腰部疼痛，这种疼痛通常与腹部症状同时出现。
如果在跑步时出现腰两侧疼的情况，建议立即停止跑步，休息一段时间。如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意保持良好的姿势，避免长时间弯腰、久坐等，适当进行体育锻炼，增强腰部肌肉力量。