病毒性疱疹性咽峡炎部分能自愈，病情较轻且免疫力正常的患儿，通常1 - 2周左右可能自愈，但也有部分情况需干预。
病情较轻且免疫力正常者可自愈情况
对于体质较好、感染病毒数量少的患儿，其自身免疫系统有一定能力对抗病毒，炎症能逐渐消退，疱疹会慢慢愈合，症状如发热、咽痛等也会逐渐缓解，有自愈的可能。
病情较重或免疫力低下者需干预情况
若患儿症状严重，出现持续高热、精神萎靡、进食困难等情况，或本身免疫力低下，如患有免疫缺陷病等，自愈可能性小，需及时就医治疗，否则可能引发并发症。
儿童患者需特别关注情况
儿童抵抗力相对较弱，家长要密切观察病情变化。若儿童疱疹性咽峡炎出现高热不退，需警惕引发惊厥等情况，应及时采取降温等措施辅助缓解病情，必要时就医。
预防及护理对自愈的影响情况
在患病期间，注意让患儿多休息、保持口腔清洁、适当多饮水，有助于病情恢复。良好的护理能辅助身体恢复，促进自愈进程，反之，不注意护理可能延缓自愈甚至加重病情。