舌咽神经痛的病因尚不完全明确，但目前认为可能与以下因素有关：
1.血管压迫：舌咽神经在出颅后经颈静脉孔出颅，此处可能发生血管袢或异位椎动脉，对面神经根部产生压迫，导致舌咽神经痛。
2.神经脱髓鞘：可能因各种原因引起的舌咽神经根脱髓鞘，使相邻的神经之间发生“短路”，此时冲动可由感觉神经纤维传至运动神经纤维，引起疼痛。
3.其他原因：部分患者可能存在颈静脉孔区肿瘤、蛛网膜炎、茎突过长等情况，也可能导致舌咽神经痛。此外，部分患者的病因可能与病毒感染、遗传因素等有关。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体的病因可能因人而异。如果出现舌咽神经痛的症状，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取针对性的治疗措施。