怀孕40天小肚子痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵扯性疼痛，通常表现为小肚子痛。这种疼痛通常是轻微的，并且会随着孕周的增加而逐渐缓解。如果疼痛不严重，没有其他异常症状，一般不需要特殊处理，注意休息即可。
2.先兆流产：如果在怀孕40天时，出现小肚子痛，并伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以了解胎儿的情况。如果确诊为先兆流产，需要卧床休息，并在医生的指导下进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，常见的部位是输卵管。宫外孕可能会导致小肚子痛，并伴有阴道流血等症状。如果怀孕40天出现小肚子痛，需要及时就医，进行超声检查等，以排除宫外孕的可能。
4.其他原因：除了上述原因外，怀孕40天小肚子痛还可能与其他因素有关，如消化系统疾病、泌尿系统疾病等。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果怀孕40天出现小肚子痛，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确保胎儿的安全。同时，在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生和营养均衡。