胰蛋白酶在医学上主要用于抗炎消肿和促进创伤面愈合，也可用于治疗毒蛇咬伤。它能够水解蛋白质中精氨酸和赖氨酸的羧基端，能使脓、痰液、血凝块等分解、液化，易于排出体外。在整形外科中，常用它来局部注射治疗神经痛。
使用胰蛋白酶时需要注意，它在体内能被迅速灭活，因此必须直接与病变组织接触，才能发挥其最大的疗效。但如果注射剂量过大，反而会引起局部组织坏死，或产生严重的过敏反应。此外，该药还会影响肝肾功能，因此肝肾功能不全的患者应禁用。
需要注意的是，使用胰蛋白酶必须在医生的指导下进行，切勿自行用药，以免引起严重的不良反应。