肛门湿疹一般难以自愈，若不积极治疗，病情可能会逐渐加重，引发瘙痒加剧、皮肤破损感染等问题。
轻微症状且诱因可快速消除的情况
若肛门湿疹症状很轻微，且能迅速去除诱发因素，如短暂接触刺激性物质后出现轻度肛周不适，在脱离刺激因素后，有可能在较短时间内有一定程度的缓解，但也很难完全自愈，仍需关注后续情况。
症状较明显或诱因持续存在的情况
当肛门湿疹症状较为明显，如瘙痒频繁、皮肤有红斑等，且存在持续诱因，像长期穿着不透气内裤、局部卫生不良等，通常不会自愈，还会随着时间推移使症状加重，影响生活质量。
儿童患者的特殊情况
儿童患肛门湿疹时，由于其皮肤更为娇嫩，且自我约束抓挠等行为的能力较弱，若不治疗，湿疹可能会因孩子搔抓等进一步损伤皮肤，导致感染等更严重问题，一般不会自愈，需及时采取措施干预。
老年患者的特殊情况
老年患者身体机能下降，皮肤修复能力减弱，肛门湿疹若不治疗，病情易迁延不愈，还可能因瘙痒等影响睡眠和情绪，进而影响整体健康状况，通常也不会自愈。