舌根两侧有疙瘩可能是正常的生理结构，也可能是由疾病引起的，具体原因和治疗方法如下：
1.生理结构：
轮廓乳头：在舌根部，呈“人”字形排列，左右各7~9个，是正常的生理结构，能感受味觉。
舌根滤泡：在舌根的黏膜内，含有许多淋巴小结和淋巴滤泡，是免疫系统的一部分。
2.疾病：
舌根扁桃体炎：由细菌或病毒感染引起，可导致舌根两侧的疙瘩红肿、疼痛，伴有吞咽困难、发热等症状。治疗方法包括使用抗生素或抗病毒药物、漱口、保持口腔清洁等。
舌乳头炎：可能与营养不良、维生素缺乏、内分泌失调、贫血等因素有关，可使舌乳头红肿、疼痛。治疗方法主要是针对病因进行治疗，同时注意口腔卫生，补充维生素等。
肿瘤：舌根部位的良性或恶性肿瘤也可能导致疙瘩的出现，还可能伴有出血、溃疡、吞咽或呼吸困难等症状。需要进行详细的检查，如喉镜、病理活检等，以明确诊断，并采取相应的治疗方法，如手术、放疗、化疗等。
总之，如果发现舌根两侧有疙瘩，应及时就医，明确原因，以便进行针对性的治疗。同时，要注意保持口腔卫生，避免吃辛辣、刺激性食物，多喝水，多吃蔬菜水果等。