自然流产后是否流干净，可以通过以下几种方法进行判断：
1.观察出血情况：自然流产后，通常会有阴道出血，出血量会逐渐减少，颜色从鲜红色逐渐变为暗红色，最后变为褐色或白色。如果出血量持续时间较长、出血量过多或颜色异常，可能表示流产不完全。
2.腹痛情况：流产后，可能会有轻微的腹痛，但通常会逐渐减轻。如果腹痛持续时间较长、疼痛程度加重或出现新的疼痛，可能表示存在残留组织。
3.检查B超：B超是判断流产是否干净的最常用方法。通过B超可以观察子宫内是否有残留的孕囊、胎盘组织等。
4.检测HCG：流产后，体内的人绒毛膜促性腺激素（HCG）水平会逐渐下降。可以通过检测HCG水平来判断流产是否干净，如果HCG水平持续不降或下降缓慢，可能表示存在残留组织。
需要注意的是，以上方法仅供参考，最终的诊断需要医生通过详细的病史询问、体格检查和辅助检查来确定。如果自然流产后出现异常情况，如出血过多、腹痛剧烈、发热等，应及时就医，以便及时处理。
此外，自然流产后需要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，避免感染。同时，应注意观察身体恢复情况，如有异常应及时就医。如果需要再次怀孕，建议在流产后至少等待3-6个月，让身体充分恢复。在备孕前，应进行全面的孕前检查，以确保身体状况适合怀孕。