杞菊地黄丸和六味地黄丸均为常用中成药，但存在差异。六味地黄丸主要由熟地黄、酒萸肉、牡丹皮等组成，能滋阴补肾，用于肾阴亏损、头晕耳鸣等；杞菊地黄丸是在六味地黄丸基础上加入枸杞子、菊花，除了滋阴补肾外，还能养肝明目，适用于肝肾阴亏、眩晕耳鸣、羞明畏光等。
药物组成方面
六味地黄丸组成为熟地黄、山药、山茱萸（制）、牡丹皮、茯苓、泽泻。而杞菊地黄丸是在六味地黄丸基础上加了枸杞子和菊花。
功效侧重方面
六味地黄丸重点在于滋补肾阴，针对肾阴不足引发的腰膝酸软、骨蒸潮热等情况有较好作用。杞菊地黄丸除滋补肾阴外，因有菊花、枸杞子，还能养肝明目，对肝肾阴虚导致的视力问题等更具针对性。
适用病症方面
六味地黄丸多用于肾阴亏虚引起的相关病症。杞菊地黄丸则适用于肝肾阴虚出现头晕、眼睛干涩、视物模糊等症状的人群。
人群适用差异方面
一般肾阴不足者可选用六味地黄丸。而对于同时有肝肾阴虚且伴有眼部不适等情况的人群，杞菊地黄丸更为合适。但特殊人群如孕妇、儿童等使用时需谨慎，孕妇应在医生指导下权衡利弊，儿童由于身体发育尚未完全，应避免自行盲目使用，需遵医嘱判断是否适用。