大拇指根部肉厚部分疼的原因有很多，常见的原因包括：
1.拇指腱鞘炎：拇指根部的腱鞘与肌腱反复摩擦，导致腱鞘出现炎症，从而引起疼痛。长期过度使用拇指、手部受寒、感染等因素都可能诱发拇指腱鞘炎。
2.关节炎：拇指根部的关节容易发生炎症，如类风湿关节炎、骨关节炎等，从而导致疼痛、肿胀和僵硬。
3.外伤：拇指根部受到外力撞击、扭伤或拉伤等，可能导致肌肉、韧带或骨骼损伤，引起疼痛。
4.感染：拇指根部的皮肤感染或腱鞘感染，也可能引起疼痛、红肿和发热。
5.其他原因：痛风、肿瘤、腱鞘炎等也可能导致大拇指根部肉厚部分疼痛。
如果出现大拇指根部肉厚部分疼痛，应注意休息，避免过度使用拇指。可以采用热敷、按摩等方法缓解疼痛。如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查，以确定病因，并采取相应的治疗措施。