肚脐眼里面疼的原因主要有以下几种：
1.肚脐眼感染：肚脐眼是一个容易藏污纳垢的地方，如果不注意清洁，容易导致细菌感染。肚脐眼感染后，会出现红肿、疼痛、渗液等症状。
2.肚脐眼损伤：肚脐眼周围的皮肤比较薄，如果受到外力损伤，如划伤、擦伤、烫伤等，也会导致肚脐眼里面疼。
3.肚脐眼炎症：肚脐眼炎是一种比较常见的疾病，多由细菌感染引起。肚脐眼炎会导致肚脐眼红肿、疼痛、有分泌物等症状。
4.腹部疾病：肚脐眼里面疼也可能是腹部疾病引起的，如胃炎、胃溃疡、肠炎等。这些疾病会导致腹部疼痛，疼痛可能会放射到肚脐眼周围。
5.其他：肚脐眼里面疼还可能与其他因素有关，如寄生虫感染、肿瘤等。
如果肚脐眼里面疼的症状比较严重，或者持续时间较长，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。在就医前，应避免用手搔抓肚脐眼，以免加重感染。同时，应注意保持肚脐眼周围的清洁干燥，避免穿紧身衣物。