紫药水是甲紫溶液，碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮的不定型结合物。二者在成分、适用范围、刺激性等方面有差异。
成分方面
紫药水主要成分是甲紫，碘伏主要成分是碘。
适用范围
紫药水对革兰阳性菌及念珠菌有较好抗菌作用，常用于皮肤和黏膜的化脓性感染、白念珠菌引起的口腔炎等；碘伏可用于皮肤、黏膜的消毒，也可处理烫伤、皮肤霉菌感染等，适用范围相对更广。
刺激性
紫药水刺激性相对较小，但可能会使皮肤染色；碘伏刺激性稍大，部分人使用后可能有轻微灼痛感，但一般可耐受。
安全性
紫药水因含甲紫，大剂量外用可引起全身中毒，目前临床应用相对减少；碘伏毒性低，使用较安全。儿童使用时需格外谨慎，避免大面积长期使用紫药水，碘伏使用时也要注意观察局部反应。