孕3个半月下腹部隐隐作痛持续了十二个小时，可能是以下原因引起：
1.生理性腹痛：怀孕后，随着子宫的增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起下腹部隐痛或不适。此外，子宫圆韧带被牵拉，也可能会导致一侧下腹部出现隐痛或坠胀感，通常为钝痛或隐痛，不会影响日常生活。这种情况一般不需要特殊处理，多卧床休息即可缓解。
2.先兆流产：如果下腹疼痛同时伴有阴道流血，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以了解胎儿的情况。如果确诊为先兆流产，需要卧床休息，必要时进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床。如果宫外孕破裂，会引起剧烈腹痛，并伴有阴道流血。宫外孕的风险较高，需要及时就医，通过超声检查等明确诊断，并采取相应的治疗措施。
4.其他原因：如阑尾炎、膀胱炎、肠胃炎等，也可能会引起下腹部疼痛。但这些情况通常还会伴有其他症状，如恶心、呕吐、腹泻等。
总之，孕3个半月下腹部隐隐作痛持续了十二个小时，需要引起重视。建议及时就医，进行详细的检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果疼痛加剧或伴有其他异常症状，应立即就医。