月经来了两天只有褐色分泌物，可能是以下原因：
1.怀孕：怀孕后先兆流产、宫外孕等情况可能导致少量褐色分泌物。可以用验孕棒或早孕试纸进行检测，或者去医院抽血查人绒毛膜促性腺激素（hCG），以明确是否怀孕。
2.内分泌失调：长期的精神压力、情绪紧张、熬夜、节食减肥等可能导致内分泌失调，影响月经。此外，一些疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌紊乱，引起月经异常。
3.子宫内膜息肉、子宫肌瘤等妇科疾病：这些疾病可能导致子宫不规则出血，表现为月经淋漓不尽或褐色分泌物。
4.节育环：节育环（宫内节育器）可能引起子宫内膜无菌性炎症，导致月经异常。
5.其他：服用某些药物（如避孕药、减肥药等）、环境改变、过度劳累等也可能影响月经。
如果只是偶尔出现这种情况，可以先观察，注意休息，避免劳累和着凉。如果经常出现这种情况，或者伴有其他不适症状，如腹痛、白带异常等，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，需要注意的是，对于有性生活的女性，月经异常时首先要排除怀孕的可能。如果是青春期或围绝经期女性，出现月经异常，也需要及时就医，以排除其他潜在的疾病。同时，保持良好的生活习惯，如规律作息、均衡饮食、适量运动等，有助于维持月经的正常。