三个月婴儿鼻子不透气，可能由以下原因引起：
1.鼻腔分泌物堵塞：婴儿的鼻腔狭窄，容易积聚分泌物，如鼻涕、鼻屎等，导致鼻子堵塞。可以使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化分泌物，然后用吸鼻器吸出。
2.感冒：婴儿容易感冒，引起鼻塞、流涕、咳嗽等症状。可以使用温热的湿毛巾敷在婴儿的鼻子上，缓解鼻塞。如果症状严重，可以在医生的指导下使用感冒药。
3.过敏：婴儿对空气中的过敏原过敏，也可能引起鼻子不透气。可以使用抗过敏药物，但需要在医生的指导下使用。
4.鼻腔结构异常：如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大等，需要到医院进行检查和治疗。
需要注意的是，如果婴儿鼻子不透气的症状持续时间较长或伴有其他症状，如呼吸急促、咳嗽、发热等，应及时就医，以确定病因并进行相应的治疗。同时，保持婴儿的鼻腔清洁，避免接触过敏原，也有助于缓解症状。