怀孕三个月时肚子疼，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感。
2.韧带拉伸：怀孕期间，子宫附近的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这也可能导致肚子疼。
3.消化不良：怀孕期间，激素水平的变化可能会影响消化系统，导致消化不良、胃胀、胃痛等症状。
4.其他原因：如肠胃炎、阑尾炎、子宫肌瘤等，也可能导致肚子疼。
如果肚子疼持续或加重，或伴有阴道出血、发热等症状，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行超声检查、血液检查等，以排除其他潜在的问题。
在怀孕期间，应注意以下几点，以缓解肚子疼的症状：
1.休息：避免过度劳累，保证充足的睡眠。
2.饮食：注意饮食卫生，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多吃易消化的食物。
3.姿势：改变体位时，动作要缓慢，避免突然改变体位。
4.运动：适量的运动可以帮助缓解孕期不适，但应避免剧烈运动。
5.心理调节：保持心情愉悦，避免紧张、焦虑等情绪。
如果对肚子疼的原因或处理方法有任何疑问，应及时咨询医生的意见。医生会根据具体情况提供个性化的建议和指导。