秋水仙碱可能引发多种副作用，常见的有胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，一般在用药初期较易出现；还可能导致骨髓抑制，表现为白细胞减少、血小板减少等，这会使机体抵抗力下降，增加感染风险；另外，还可能引起神经毒性，出现手脚麻木、刺痛等感觉异常的情况。
胃肠道反应方面
秋水仙碱对胃肠道刺激较为明显，服用后不少人会率先出现恶心、呕吐症状，严重时还可能引发腹痛、腹泻，影响患者的进食和营养吸收，尤其对于本身胃肠道功能较弱的人群，这种反应可能更为突出。
骨髓抑制情况
秋水仙碱会抑制骨髓造血功能，使得白细胞、血小板等血细胞生成减少。白细胞减少会让身体抵御外界病菌入侵的能力变弱，容易频繁生病；血小板减少则可能导致凝血功能异常，出现皮肤瘀斑、鼻出血等表现，这在长期用药或用药剂量较大的患者中更需密切关注。
神经毒性表现
部分患者使用秋水仙碱后会出现神经毒性反应，表现为手脚部位有麻木、刺痛的异常感觉，这可能会影响患者的肢体活动和日常生活，对于一些需要精细操作的人群，如工人等，会带来较大不便。
其他可能副作用
除了上述常见副作用外，秋水仙碱还可能引起肝肾功能损害等情况，对于有基础肝肾功能不全的患者来说，用药时需格外谨慎，因为本身肝肾功能就不佳，药物代谢和排泄受到影响，更容易加重肝肾负担，进而导致肝肾功能进一步恶化。老年人由于身体机能衰退，对药物副作用的耐受能力较差，使用秋水仙碱时发生副作用的风险可能相对更高，需要密切监测身体状况；而儿童由于身体各器官发育尚未成熟，使用秋水仙碱可能会对其生长发育产生未知影响，所以一般不建议儿童使用。