胎停育的原因较为复杂，可能涉及胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素等多方面。
胚胎因素
染色体异常是常见的胚胎因素。胚胎染色体数目或结构异常，会影响胚胎正常发育，从而导致胎停育。例如，常见的三体综合征等染色体数目异常情况，会使胚胎无法正常生长发育。
母体因素
内分泌异常是重要的母体因素之一。如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，进而引发胎停育。另外，患有自身免疫性疾病，像系统性红斑狼疮等，自身免疫系统攻击胚胎相关组织，也可能造成胎停育。
父亲因素
父亲精子染色体异常也可能引发胎停育。精子染色体发生畸变等异常情况，会传递给胚胎，影响胚胎正常发育进程。
环境因素
过多接触有害环境因素也与胎停育相关。比如长期接触放射性物质，像在放射工作环境中未做好防护，放射性物质会对胚胎造成损害，增加胎停育的发生风险；或者长期处于高浓度污染的环境中，有害物质干扰胚胎发育，也可能导致胎停育。